Det pågår ett omfattande arbete när det gäller EU-frågor i Malmö, och staden är aktiv på många olika sätt.
I Malmö finns ett flertal EU-projekt inom områdena teknik och miljö, kultur, arbetsmarknad, vård och omsorg, sociala frågor samt skola och utbildning.
Riktlinjer och mål för EU-arbetet anges dels i planen och strategin för Malmö stads internationella arbete, som antogs år 2006 i kommunfullmäktige och kommunstyrelsen, dels i en handlingsplan för EU-arbetet i Malmö stad, upprättad av tjänstemän på stadskontorets avdelning för samhällsplanering tillsammans med Malmö stads EU-nätverk.
Malmö stad är medlem i EUROCITIES, där Malmö genom ett aktivt engagemang tillsammans med andra europeiska storstäder, kan påverka att städernas intressen sätts på den europeiska dagordningen. Genom medlemskapen i UBC, Union of the Baltic Cities, och i nätverket Baltic Metropoles ges möjlighet att påverka en gynnsam utveckling för städerna i Östersjöområdet.
Malmö stad har ett speciellt avtal med Europeiska kommissionen om att få driva ett informationskontor för allmänheten, som finns på Malmö stadsbibliotek. Här ges service till såväl malmöborna som offentliga organ och förvaltningar.