Ansvarsfördelningen mellan staten och kommunerna ändrades 1991. Kommunerna fick ansvaret för skolans verksamhet.
Den tidigare regel- och resursstyrningen ersattes av mål- och resultatstyrning. Staten har lämnat ansvar och befogenheter till kommunerna och de enskilda skolorna. Tanken med förändringen är att detaljbestämmelser ska undvikas och att kommunernas och skolornas frihet att välja vägar till målen ska vara så stor som möjligt.
Heleneholms gymnasium har en platt organisationsstruktur. Beslut om verksamheten fattas nära dem som berörs. Skolan har en rektor och två biträdande rektorer samt ett antal studieledare med bland annat ansvar för olika program- och ämnesgrupper.
