Flensburgska gården är en välbevarad handelsgård med bebyggelse från flera perioder. Huset i hörnet Södergatan-Skomakaregatan uppfördes troligtvis år 1595 av köpmannen och rådmannen Helmicke Ottesen. Det finns mycket som talar för att årtalet är riktigt, det kan till och med ha funnits på fasaden. Ett ankarjärn i form av en nia sitter fortfarande på den södra gaveln.
Huset är byggt i holländsk renässansstil och tillhör Malmös äldre byggnadsbestånd. Det är sannolikt en förminskad kopia av det samtida skånska slottet Svenstorp. Slottet ritades av Hans van Steenwinckel d.ä. med Daniel Tommisen som stenhuggare.
Tommisen, som också var verksam i Malmö, har därför föreslagits som möjlig arkitekt eller byggmästare för huset. Volutgavlarnas utseende, takkuporna och de tvärgående banden av kritsten finns både på slottet och på borgarhuset i Malmö. Så många likheter kan knappast vara en tillfällighet.
Under större delen av 1700-talet och fram till mitten av 1800-talet fungerade gården som magasin åt kronan och lokala handelsmän. År 1847 inreddes huvudbyggnaden till bostad av dåvarande ägaren och handelsmannen Mathias Flensburg. Fasaden gavs en putsad klädedräkt med rustika hörnkedjor runt dörrar och fönster — en renässansstil i 1800-talstappning. Nya fönster och portar togs upp i fasaden och över portarna satte man upp två gjutjärnsbalkonger i empirestil.
Korsvirkeslängan utmed Skomakaregatan revs år 1877 och ersattes med ett stenhus. När det nya huset uppfördes hade det alltså samma stil som huvudbyggnaden. Samtidigt tillkom det mindre korsvirkeshuset på gården.
År 1935 lät arvingen Eva Flensburg restaurera huvudbyggnaden. 1800-talsputsen knackades ner och fönsteröppningarna rekonstruerades för att återge byggnaden sitt 1500-talsutseende. Eva Flensburg testamenterade vid sin död gårdens alla byggnader till Malmö Museum och år 1968 förklarades gården som byggnadsminne.
Idag är Kulturförvaltningens kansli inrymt i övre våningen. Husets bottenvåning används fortfarande som affärslokal, precis som för 400 år sedan.
