Kommendanthuset är uppfört på Malmöhus nordvästra bastion, kallad Banér. Byggnaden var tänkt att användas som förråd för Södra Skånska Kavalleriregementet och kallades Nya Tyghuset. Vem som ritade huset är okänt, men generalkvartermästaren och chefen för fortifikationen, Johan von Hermansson, har satt sin signatur på ritningen.
Att byggnadsstilen klassicism valdes låg helt i linje med den regerande Gustav III: s smak och han besiktigade personligen bygget. Det brutna sadeltakets flacka vinkel gav möjlighet till att förse gavlarna med tympanonfält för att förhöja intrycket av klassiskt tempelbygge. I övrigt är byggnaden präglad av sin förrådskaraktär med stora, tätt placerade portar för tungt krigsmateriel.
Redan 1801, under Sveriges väpnade neutralitet under Napoleonkrigen, byggdes ovanvåningen om till sjukhus. Senare blev byggnaden kasern och i mitten av 1800-talet slottskommendantens bostad. Under mellankrigstiden byggdes huset om till nödbostäder och 1965 renoverades och återfördes byggnaden till sitt ursprungliga utseende.
Kommendanthuset blev byggnadsminne 1993.
