Ett kommunalt anslag betalas ut årligen.
Därutöver får museet anslag från region Skåne och från staten.
Extern övrig finansiering sker genom biljettintäkter, pedagogiska program (visningar, kurser, föreläsningar), intäkter från deponering av konstverk, museibutiken med mera. Intäkter från ett par sponsorer bidrar även till museets verksamhet.
Malmö Konstmuseum får inga kommunala, regionala eller statliga medel för inköp av konst. Eftersom förvärv ingår i det kommunala uppdraget är Malmö Konstmuseum beroende av tidigare generösa privata donationer för inköp till museet samlingar.
Museet har tillgång till avkastning från ett par fonder, som föreskriver vilken konst som kan köpas. Hur mycket pengar det rör sig om skiftar med aktiemarknaden. Det brukar bli några miljoner om året, men det skall användas på det sätt som varje donator har föreskrivit, så museet har inte möjlighet att helt fritt välja hur de donerade medlen skall användas.
