Mamlö Konstmuseum utställningar ska spegla museets samlingar, framförallt samlingen med nordisk konst från 1900-talets början fram till i dag. Regelbundet görs presentationer av museets nyförvärv, varav en större utställning vart tredje år. Senaste utställningen var Spår, 2010-2011. Museet gör även återkommande utställningar över stora svenska konstnärskap, till exempel har konstnärer som GAN, Elis Eriksson, Lena Cronqvist, Åke Göransson, Marie-Louise Ekman och Dan Wolgers haft stora separatutställningar på museet.
Malmö Konstmuseum samarbetar med museer och konstinstitutioner över hela världen. I samarbete med dem görs utställningar som ofta presenterar deras samlingar, till exempel Under de Röda Fanorna (Kumu Art Museum, Tallinn), Archeology of the Mind (Morra Grecco Collection, Neapel) och Out of the Mould (Galleri Petronas, Kuala Lumpor).
Museet visar ca 8-10 utställningar per år. De flesta av utställningarna produceras av museets egna intendenter. Cirka en utställningen om året produceras av en curator som arbetar på ett annat museum eller som är frilansande.
Museet har en lång framförhållning gällande utställningsprogrammet. Det ligger ofta mer eller mindre färdigt för 2-3 år framåt.
